他的父亲，前人大副委员长（这是非共产党人士所能得到的最高位置）黄炎培。他不但没有就势攀缘，1950年代只短短一段与共产党共事（39岁的他被委任为东北水利总局顾问），就赶忙抽身退步回到学校。他以为大学课堂可以只做学问，却不知当局要求知识人的，并不是他们独立的学识与见解。1957年鸣放中一篇小说（《花丛小语》），把他推到“伟大领袖”钦定的深渊。当年七月，人民日报为“右派恶毒攻击”专辟的一栏的题头“什么话”，就取自毛泽东对他小说的批语“这是什么话？”。
这样大的政治压力，别人可能早找路子、求庇护，起码也缩起头躲躲灾，他却在国务院“征求专家意见”、但谁都知道要捧苏联方案、而且工地施工其实已经开始的会上，独自坚持“不可上”、争辩七天。此后，在他警告的“黄河潼关以上将大淤”已经出现，他做不到冷眼旁观，而是“顶著右冠，在工地劳动的业余时间”，完成《论治理黄河方略》等论文。
他是清华最后获得改正的“右派”，时年已经届古稀。他没有任何要求，只希望尽快投入工作：教书、著述，并有机会为筹备上马的三峡工程贡献意见。他一心想的是中国的水资源，是河流、是土地和黎民，根本不知他的见解是会妨碍人家升官与发财的。决策不让参加，教书总行吧？从78年开始要求，20年过去，到了 1998年大洪水，到了他已经89岁，才终于获准给研究生授课。他换了一身白西装，打上红领结，庄重地走进教室。
他本可以在家安享天年，也可以随子孙在国外享福。他不顾当政者的恨与嫌，一心只要工作。他的理由是：“我是公费留学生，百姓供养我学知识，我还没能报答他们。”
在他时昏时醒极度疲乏的弥留期间，他的两名毕业于1958年的得意门生，来病房探视。他们走后，黄万里向守侯在一旁的老妻要笔纸，写下以下文字：
万里老朽手启 予 敏儿及沈英夫妇弟妹：
治江原是国家大事，“蓄”、“拦”、“疏”及“抗”四策中，各段仍应以堤防“拦”为主。长江汉口段力求堤固，堤面临水面，宜打钢板钢桩，背面宜石砌，以策万全。盼注意注意。
万里遗嘱 2001-8-8 手笔候存
这也是他留在世上最后的话，心头念念的，是长江水患对策。
与此相对照的，是三峡工程上最为党所倚重的专家张光斗。去年春，病中的张专家获得三峡工程副总管郭树言（总管为总理）亲切探视，过后将他的谈话以“张光斗同志关于三峡工程建设谈话的记录”文件形式报副总理、总理及全国人大委员长。
张专家也谈到长江防洪。他说的是：“三峡的防洪库容问题可能你们知道了，没有那么大。这个研究是清华作的，钱副主席知道后，把长江水利委员会找来问，他们也承认了。这也可以解决，无非把水位降到135米，影响几天航运。但这件事在社会上公开是不行的。”
张光斗只有硕士学位，而今是中国科学、工程双院士。
没有人敢为黄万里正式出书。他的一本文集，是去世前夕，学生们自费筹资排印的。
记得胡适有一句话总括当权者的“德行”：中国不亡，是无天理！
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