黃琦於2000年6月3日被捕，被捕前通過天網論壇向外界從容告別。此後和其家人、外界再沒見面。據天網消息，黃琦曾受毒打。

黃琦被起訴的主要內容是天網論壇上出現了同情獨立、同情六四的文章。據觀察，起訴書中羅列的內容和許多國內撰稿人的文章相比，沒有更激進。而多數國內撰稿人只是受警告。黃琦被逮捕應該是他對受不公正對待的百姓的關注得罪了地方官員的利益。