馬思聰逃離中國大陸的消息在世界引起了不小的轟動，這讓中共高層十分震怒。同年5月，在康生和謝富治的示意下成立的「馬思聰專案組」（又名「002號專案組」）開始對馬思聰出走的經過進行調查，並株連馬家親屬數十人，其中馬思聰的二哥、其岳母、侄女和廚師相繼被迫害致死。

馬思聰的二哥馬思武，1905年出生，早年追隨大哥留學法國，回國後曾在外貿部上海辦事處工作，文革時任上海外國語學院出國培訓的法語教授。馬思聰出逃後，馬思武亦受到牽連。1968 年「清理階級隊伍」運動中，馬思武被指控曾經幫助馬思聰「叛國投敵」，7月10日在學校的主樓「君儒樓」中被批鬥，有學生狠打他耳光，一直折磨到深夜11點。第二天，馬思武即從「君儒樓」頂跳下自殺身亡，終年63歲。他死後，在中國住了三十年的法籍夫人只好離開中國，兩年後因抑鬱成疾在法國去世。

馬思聰的妹妹馬思蓀當時是上海音樂學院著名鋼琴教授，在馬思聰出逃後，她被隔離審查，關在學校的地下室一個不見陽光的小屋子，不許回家，不許和任何人接觸，天天寫交代，一關就是一年多。據其女兒馬常子回憶，馬思聰出逃一事是其母親一年後被放回家才知曉的。

而馬思聰70多歲的大哥馬思齊也被捕入獄，其三名子女遭到重判，其中女兒心臟病發作，死於拘留所。

馬思聰太太王慕理的兄弟也沒有一個逃過中共的迫害。她的大哥嚐了8年的牢獄之苦；三弟和妻子均被判入獄5年，後因在獄中重病，被提前釋放。就連馬思聰的家庭醫生倪景山和家廚賈俊山亦被指協助馬思聰逃亡，前者被判勞改八年，妻子因此患上精神病，後者被扣四年，弄至身體傷殘，出獄後幾年便身故。

毫無疑問，造成馬思聰出逃及其親人家破人亡的罪魁禍首正是中共。僅僅馬家一個家族，中共就欠下了如此多的血債，中國千千萬萬遭受迫害的家庭，又有多少血債需要中共償還？！