此次审计还发现，预算编制不细化、批覆不及时等预算及财务管理不规范的问题亦涉658.58亿元，其中2005年新发生的345.39亿，占52.4%。审计还查出违法案件线索 12 宗(涉案25人)，已移送司法机关和纪检、监察等部门查处。

审计部亦查出科技部、中国科学院的部分科研经费被闲置或挪用。其中科技部历年结余资金11.96亿未及时安排使用，包括科技部所属交流中心等单位承担的5个科研项目，自2003年以来一直未执行，项目资金1383万元长期闲置。

审计公告还披露，部分单位挤占、挪用、截留财政资金。包括发改委动用公帑为职工买商业保险、商品屋，信息产业部截留资金发给职工，体育总局更动用公帑炒股等。

香港舆论指出，与前几年李金华初刮审计风暴时相比，如今各部委对待审计报告的态度已有了天壤之别。比如国家体育总署已经多次被审计署曝光，存在这样那样的财政违规违法问 题，但今年的审计公告显示，类似问题依然存在，而且十分严重。

舆论表示，中央部委挤占、挪用、截留财政资金，用公款为职工购买商业保险、商品房，部委官员挪用单位巨额资金免费给私人企业使用，这样的问题依然普遍存在。如此，人们不禁要问，审计风暴的意义究竟何在？