繼2003年揭露薩斯真相之後，2004年2月蔣彥永醫生又上書中央，要求平反六四，這讓當局大爲不滿。六四大屠殺15週年之際，他和妻子華仲尉一起被當局羈押。七月份，美國國家安全顧問萊斯訪問北京時曾過問此事，後來他被釋放回家，但依然處於軟禁狀態。八月份在馬尼拉舉行的麥格賽賽獎頒獎大會上，蔣醫生的女兒蔣瑞替父親領到了獎章、證書和5萬美元的獎金，這些東西現在都保存在蔣瑞在加州的家中。

「這些東西應該放在父親的家中。」蔣瑞說：「我希望等他獲得自由時，親手交給他，可是我說不清何時他才會有真正的自由。」

蔣瑞說，她父親處於所謂雙規之中，也就是要在規定時間，規定地點向中共當局交待問題。官方說要在一定的時間給他的問題「下結論」。不過對蔣瑞來說，獎章上鐫刻的字已經給了爸爸最好的結論：「爲了真理挺身而出，揭露中國薩斯真相。」

蔣瑞說，有關方面曾經告訴她十月一日之前會對她父親的問題有一個「結論」，但是「不管他受到什麼懲罰，我最擔心的是他的人身自由。」

蔣瑞說，父母一直處於嚴格的監視之下。父親要想走出院子必須先向有關人員提交書面請求，家裏的電話被竊聽，掛號信件不再由郵局遞送，而是由專人檢查後送來。

「我越來越失望，父親的處境至今沒有任何改觀。」蔣瑞說。

消息靈通人士說，當局可能會援引黨紀或者軍紀，而不是法律來懲罰蔣醫生。「有人要懲罰他，也有人要保護他，雙方妥協的結果可能是蔣醫生會受到嚴重警告處分。」消息來源說：「他的處分不會太重。一個重要原因是北京政府要給萊斯留點面子，因爲萊斯曾經對蔣醫生的處境表示過關注。」