據時任北京市委第一書記的李雪峯的回憶：「1966年6月18日上午9時，北京大學全體工作隊隊員都到教學區開會，學生們獨自在學生宿舍區學習、開會。化學系、生物系、東語系、西語系、中文系、無線電系的學生利用工作組不在期間，在學生宿舍區先後鬥了40多名正和同學們一起學習的教師、黨員幹部和兩名學生幹部。以一、二年級的學生爲主，在 39樓設了『鬥鬼臺』，將墨汁倒在被鬥人的臉上，拿廁所的紙簍作成高帽子戴在被鬥人頭上，罰跪，少數人還扭打被鬥者。」
另據北大校友王友琴的文章，在「6.18」事件中捱打的人有六十多位，其中包括生物系黨總支副書記、講師胡壽文，他「被學生用一根繩子套在脖子上，拉倒在地，拖着就走。胡幾乎窒息昏死過去。他用雙手使勁拉住繩子套，才沒有被勒死」；還有中文系的總支書記程賢策、教授王力、吳組緗、王瑤等。
儘管隨後「6.18」事件遭到了劉少奇等的否定，使文革一度陷入低潮，但隨着毛的真實意圖，即「炮打劉少奇」一派的表露，以及公開接見紅衛兵，鼓動他們革命，文革再次如火如荼地開展起來。北大這個文革的發源地成爲各地紅衛兵朝拜之處，每天有七八萬甚至十幾萬人前來。
北大在文革中的「輝煌業績」有許多，如開全國集體打人之風、高校武鬥先河等，其中最爲出名的是他們如何鬥爭、折磨那些手無寸鐵的所謂「資產階級反動權威」教授。掛木牌，建「勞改隊」，關「牛棚」，這些都是北大學生的經典之作。
所謂掛木牌，就是把十幾斤、甚至幾十斤重的、上書「反動學術權威XXX」之類木牌子，用鐵絲掛在被害人的脖子上，讓被害人躬着腰，於是木牌的全部重量就都通過鐵絲作用在了脖子上。據說使用的鐵絲越來越細，能夠勒入人的血肉之中。
所謂「勞改隊」，就是把那些被整的教師集中起來，在校園內或者到校外 「勞動改造」。
所謂「牛棚」，實際上就是非法監獄，就在今天的賽克勒考古博物館的所在地。在這裏，除了白天干活，「牛鬼蛇神」們還有晨練，有晚訓，他們要時刻準備背誦「最高指示」，也要時刻準備接受管理人員的辱罵和毆打。很難想像，當年的北大學生可以想出如此惡毒的方法折磨自己的老師。
根據王友琴撰寫的文章，不少大名鼎鼎的教授都遭受過如此的折磨，如美學教授朱光潛、東語系教授季羨林、西語系教授吳興華，等等。45歲的吳興華在「勞改」時被折磨致死。劫後餘生的季羨林在後來出版的《牛棚雜憶》中詳細描述了這讓人不堪回首的歲月。
許多被批、被折磨的教授、教師們不堪忍受前所未有的侮辱，而選擇了自殺。據不完全統計，在文革中，北大至少有71人自殺或「不正常死亡」。（王友琴《中國知識份子的四個S》）。
第一個自殺的是歷史系教授汪籛，他在1966年6月 11日喝殺蟲劑敵敵畏自殺身亡。其後自殺的還有：數學系講師董懷允、英文教授俞大絪、中文系中共總支書記程賢策、哲學系心理學教授沈乃章、化學系副主任、副教授盧錫錕、生物系教授陳同度、北大教務長崔雄昆、物理系著名老教授饒毓泰、俄語系講師龔維泰、數學力學系教授董鐵寶和教師陳永和、歷史學教授、副校長翦伯贊夫婦……
他們或選擇服毒，或選擇上吊，或選擇在未名湖自溺，或選擇跳樓……他們死的那麼決絕，因爲人世已不讓他們留戀。
毫無疑問，大批學者的非正常死亡在北大的歷史上留下了羞恥的一頁。然而，我們沒有看到今日的北大對曾經發生有多少的反思。這麼多人的死似乎早已被遺忘，並在北大的歷史中被輕飄飄地帶過。