2004年6月28日晚，在曾庆红访问南非期间，前往约翰内斯堡寻求法律途经起诉曾庆红的澳洲法轮功学员，在驱车赶去总统府宾馆的途中遭到黑枪袭击，其中唯一一名身穿写有“法轮大法”标记服装的法轮功学员David Liang中弹，右脚粉碎性骨折。这是海外法轮功学员五年来遭受的最严重迫害事件，受害者认为是有针对性的雇凶杀人行为。这种恐怖行为是包括曾庆红在内的江氏集团犯下的又一罪行。
* 曾庆红是最早支持江泽民迫害法轮功的几人之一
曾庆红、罗干等人是最初支持江氏迫害法轮功的少数政治投机犯罪分子，借打击法轮功排除异已、捞取政治资本、达到险恶的政治目地。江泽民出于个人的妒嫉和对权威的维护，伙同心腹曾庆红和主管政法工作的罗干等少数野心分子密谋，破坏宪法，策划将法轮功置于死地。1999年7月20日，江泽民发动了对法轮功的政治迫害运动。
没有经过全国人大讨论及法院、检察院的公开调查、审理判定的情况下江泽民突然发起的迫害法轮功运动，当时大多中共高层不赞同。1999年7月23日，曾庆红领导的中共中央组织部公开表态支持江氏，为江氏打气，在中共组织上为江氏迫害开道。
曾庆红在镇压开始初期说，对法轮功的斗争是对党的重要考验，从而煽动不明真象的党政干部仇恨法轮功，在思想和理论上为调动中共全党力量和中国政府力量迫害法轮功制造借口，把政府变为镇压人民的机器。
几年以来，迫害法轮功越来越不得人心，现在江泽民已经十分孤立、骑虎难下，现为中共中央政治局常委的曾庆红和罗干等少数人仍继续附和江泽民。
* 利用职权号召加大力度迫害法轮功
在任中共中央政治局候补委员、中共中央书记处书记、中共中央组织部部长期间，曾庆红利用手中的权力多次在组织部门的会议上诽谤和攻击法轮功，号召加强打击法轮功，要求各级党委、各级组织人事部门“积极主动地参加这场严肃的政治斗争”。
例如，在2000年的一次全国组织部长的会议上，曾庆红又借机诬蔑、诽谤和攻击法轮功。
由于曾庆红控制中共组织部这一实权部门，对于驱使各级党政干部参与迫害法轮功起到实质性的推波助澜作用。
2001年4月20日，在北京召开的一次全国农村思想学习教育的会议上，曾庆红在吹捧“三个代表”的同时，又一次要求和号召在全国农村打击法轮功。
* 亲自组织、策划代号“3号风暴行动”抓捕法轮功学员
曾庆红亲自组织行动非法抓捕法轮功学员，外界现在知道的有：在2001年10月1日前，由曾庆红、罗干亲自组织、策划代号“3号风暴行动”，导致又一批法轮功学员被抓。
“3号风暴行动”大致主要是国家向各省、市派遣计算机网络专业人员，破坏与明慧网的联系。各主要公共场所、街道和居民区都有警察和雇佣无业青年，24小时不间断蹲坑，导致一些法轮功学员被抓，有的甚至是从家里半夜被警察抓走。
* 亲自在全国各地蹲点、坐镇
曾庆红不仅在幕后充当江泽民的军师，而且到地方坐镇，亲自迫害法轮功。
例如， 2001年元月17日至23日，曾庆红、罗干去湖南省迫害法轮功，罗干坐镇衡阳市，曾庆红坐镇省会长沙市。在六天中，在长沙市具体有多少法轮功学员被非法抓捕数据不详，但仅在衡阳市区就地毯式抓捕了1600多名法轮功学员，对他们进行长期关押。抓的方式：有的以谈心交朋友为名骗去被关，有的令其写保证，不写即关，有的进行围捕、追捕，有的是以通缉令等多种形式。大法弟子被抓进去后陆陆续续被非法判劳教、劳改，被分别绑架到长沙平塘劳改监狱、新开铺劳教所、株洲白马垅劳教所、岳阳劳改农场。
安徽省合肥市各区原定于2001年4月25日开始的洗脑转化班，由于法轮功学员的抵制，都没有办成。2001年4月底，曾庆红来到合肥市，在他的指使下，安徽省各地于4月29日、30日疯狂抓捕法轮功学员，诱骗、砸门、绑架，无所不用其极。
* 策划和利用“天安门自焚”使迫害升级
江泽民、曾庆红、罗干等一伙在2001年1月23日下午炮制“天安门自焚案”事件嫁祸法轮功，震惊了全世界。影响恶劣的“天安门自焚案”是江氏集团栽赃法轮功的最大谎言，以此煽动不明真象的人们对法轮功产生仇恨，为迫害法轮功制造借口，并且使迫害升级。关于“天安门自焚案”的真象，国际教育发展组织（IED）在2001年8月14日指出：“天安门自焚事件”“是中国政府一手导演”，并专门备有真象铐贝，供人们自由领取。2003年11月份，揭露“天安门自焚案”骗局的影片《伪火》（False Fire）获第51届哥伦布国际电影电视节荣誉奖。经过对中央电视台录像进行慢镜头分析发现，里面破绽百出，自焚者之一刘春玲被人从脑后面当场打死，几名自焚者根本不是法轮功学员。
2001年1月27日至2月1日，曾庆红在江苏、湖南调查，趁机利用刚刚发生的天安门自焚案，大肆诬蔑、诽谤、攻击法轮功，并且要求把迫害法轮功“作为一项重要的任务抓紧抓好，决不能含糊，不能客气”。
* 凌驾于法律之上 打击报复原告
2000年8月29日，两名法轮功学员朱柯明和王杰，向最高人民检察院控告中共总书记江泽民、中组部长曾庆红以及中央政法委书记罗干非法镇压法轮功。9月7日晚上，两人同时在北京被公安强行抓捕。
* 曾庆红应立即被法办
曾庆红一直给江出谋划策，给江大搞个人迷信和崇拜，心狠手毒为江排除异己，为自己捞取政治资本，在党内外声誉差、民意差。
现在明白法轮功真象的人越来越多，江氏小集团越来越孤立和不得人心，在国内外，法办江氏小集团的呼声越来越高。江泽民、曾庆红、李岚清、罗干、薄熙来等迫害法轮功的凶手已经被告上法庭。作为江泽民迫害法轮功的主要帮凶之一，曾庆红直接参与从早期密谋、策划、组织、号召到诬蔑和迫害法轮功，双手沾满善良修炼者的鲜血，罪大恶极，应立即和江泽民、罗干、刘京、周永康一起被法办。