蒋彦永曾在2003年4月向中外媒体揭露北京当局隐瞒致命传染病萨斯的详情，当时中国前卫生部长张文康声称该传染病在中国疫情轻微，并「负责任」地表示在中国逗留仍安全无虞。蒋彦永的揭露不仅很快导致了张文康部长的下台，并且暴光了中国处理萨斯疫情的内幕，并震惊了世界。
在签署于2004年2月24日的呼吁信中，蒋彦永赞扬了1989年北京学生提出的反腐败官倒诉求，并且谴责了当局的武力镇压行动。
他并表示，“之后，当局随即开动各种宣传机器编制谎言，并用高压手段使全国人民变得有口难张。15年过去了，当局希望人们会渐渐淡忘：过去把天安门事件称作「反革命暴乱」，后来就改称为「89年的政治风波」。这种对事件名称的更改，正说明肇事者的心虚。”
蒋彦永回忆了他当年任解放军301医院普通外科主任时的亲身经历。1989年6月3日晚，他看到“躺在急诊室地上和诊断床上的已有七名脸上和身上到处是血的青年，其中两名经心电图检查证实已死亡。”“从10点多开始到半夜12点，在这两个小时中，我们医院的急诊室就接收了89位被子弹打伤的，其中有7位因抢救无效而死亡。”
他回忆了几位死亡者的详情，包括一位20多岁的青年，中共离休干部之子；一位摩托车运动员；还有一位老人和一个小孩等。另外，蒋彦永通过死者肝脏和肠道内遗留的大量碎弹片证实当时当局动用了被国际法禁止使用的“开花弹”。
蒋彦永还表示，镇压后官方曾派人找他“谈心”，让他“说清楚”他曾上街去天安门声援学生一事。他在信中说，“我去天安门之事是谁都知道的，我的这个行动没有任何错误，和我谈心的同志就只好如实地去汇报。此后谈到六四的问题， 我始终认为，镇压学生运动是错误的，为此，在那年我本该调的级别被卡住了。”
他提及在六四之后，“一切事情都以对待六四的态度为标准来处理。”例如当时军事医学科学院院长秦伯益教授和副院长唐佩弦教授因受牵连而被免职。“而另一位副院长，因为说了领导喜欢听的话，表态好，就被提升为正院长了。”
他说，“六四之后，绝大部分和我相识的各行各界的人，在心里都很清楚，六四镇压是绝对错的，但屈服于上面的高压，不敢讲心里话。在这个问题上，所谓的和中央保持一致，完全是一种假象。在这漫长的15年中，我不论在什么场合，从来都是明确地表明，我认为六四镇压是绝对错的。”
1997年，蒋彦永在和剧作家吴祖光谈及对平反六四的看法时，深受吴的鼓舞。他说，“人总是应该说话的，要说真话。”
蒋彦永说他在1998年曾和部分人士一起向当局写信，建议重新评定六四。
他透露前中国国家主席杨尚昆在1998年亲自向他表示，“六四事件是我党历史上犯下的最严重的错误，现在他已经无力去纠正，但将来是一定会得到纠正的。”他并提及前中共领导人陈云也曾写信表示反对这样处理六四。
蒋彦永回顾读了「天安门母亲」丁子霖所写《为了中国的明天——生者与死者》一书的感受，表示清楚了解丁子霖十多年来经受的压力和极大痛苦。他表示，“他们从1995年开始，每年都给全国人大常委会写公开信提出严正的要求。但遗憾的是，作为国家的最高权力机构，对这样一个严肃的请求，竟然置若罔闻，一字不答。这是一种极不负责任的态度，在全世界人民面前时交代不过去的。”
蒋彦永表示，“我相信，正确地评定六四是人心所向，决不会造成人心紊乱。所谓的稳定压倒一切，只能是造成更大的不稳定。多年来，每到六四前夕，有的人真是如坐针毡，草木皆兵，不知要动员多少力量来防止发生事情；年复一年，并没有因为离六四越来越远这种不安就逐渐减轻，相反的是老百姓越来越失望和愤慨。”
蒋彦永最后说他已考虑到写此信可能会遇到的各种后果，并表示当局如果愿意的话，可以找他谈论此事。