試想，象「三個代表」這種重要的理論出來後相當長一段時間外界搞不清楚是如何定奪的，什麼人操筆的，可見保密程度。目前中央領導人智囊班子中左看右看，可以說只有王滬寧是最清新的學者加改革派，其他不是已經被中共政權污染，就是本身即是這種體制培養出來的。李鵬人馬以及其他一些左派認爲只要搞掉王滬寧，就斬斷了江澤民的一隻臂膀。
當然，根據共產黨的理論，外因畢竟通過要內因起作用，江澤民本身從「三個代表」理論提出後已經開始對王滬寧有意見。中南海甚至傳出江澤民有種上了王滬寧當的感覺。這要從「三個代表」理論本身說起：「三個代表」理論出現後，海內外褒貶不一。可是憑心而論，有頭腦的人都不難看出，「三個代表」只是首著，如果順著這個思路走下去，也就是真正徹底改變共產黨的統治。這是之所以「三個代表」提出後，受到左派集團的猛烈攻擊的原因。「三個代表」提出前中央已經意識到左派的反應，但是出乎江澤民意料之外的則是全國基層的反應大大出乎中央政策研究室（王滬寧主管）預測。據說在不久前江澤民對於王滬寧大發脾氣，認爲沒有做好全國性的基層調查研究，高估了中國新興高收入人士以及中產階級的勢力，是造成江澤民提出「三個代表」後左右爲難的主要原因。
中南海消息說，江澤民並不是象海外攻擊的那樣保守，但是他一切從自己的權力地位出發，左右搖擺。他自己也認爲中國必須要進行政治體制改革，但是這個改革絕對不能危及到自己的統治地位。所以他一方面把「三個代表」作爲自己歷史定位，一方面又爲「三個代表」理論提出後的反應惴惴不安。
這裏說句公道話，對於王滬寧這樣的學者，無論是從投靠國家安全部，還是緊跟趙紫陽，後來的江澤民，其實他不是爲了作官，而是爲了推行自己的學術理念。王滬寧在八十年代提出的很多改革主張都被趙紫陽接納，當時就有「王滬寧是趙紫陽政治字典」的說法，作爲學者他能夠做到這一步，在北京圈內的人不是不清楚。更有接近高層人士指出，去年王滬寧就拒絕了曾慶紅提出的十六大出任宣傳部長的許諾，一度使得曾慶紅很是不滿。江澤民也認爲十六大後是正式推行「三個代表」的時候，王滬寧出任中宣部部長可行。但據傳，王滬寧已經表明心跡，繼續搞自己的理論研究，或者寧願回到大學教書育人。
說到這裏，另外一件事情不得不提一下，那就是前面提到王滬寧和國家安全部門關係時提到他的妻子周棋。海外媒體直到最近仍然有熱心人士在介紹王滬寧時提到他的「賢內助」。其實王滬寧早在1996年到北京後一年，已經正式和周棋祕密協議離婚，並且於1998年在極其祕密的情況下和他在復旦大學的學生，小他十二歲的湖南女孩蕭佳靈結婚。他們結婚如此祕密，圈內人開玩笑說：只有江澤民知道他祕密結婚。
這個玩笑有背景，因爲王滬寧祕密結婚的妻子蕭女士是復旦大學外交關係博士，也相當有成績，王滬寧已經把她介紹給江澤民，江澤民有些關於美國的事情都有和蕭博士探討。這裏可以說無巧不成書，不知道是王滬寧是徹底得罪了國家安全部，還是李鵬人馬有意整他，王滬寧結婚的消息也是出口轉內銷才搞到都知道。
話說1998年王滬寧和蕭佳靈結婚後仍然一人上海一人北京兩地分居。1998年底蕭佳靈前往日本東京大學完成博士後研究，原定一年。可是八個月不到，蕭卻匆匆返回。原來，蕭佳靈到日本後一開始就受到日本情報部門的注意，這種「關懷」又被北京國家安全部獲悉，國家安全部高層當時並不知道蕭王的關係。經過查背景知道後，大爲緊張，立即要求蕭提前結束博士後研究。據說直到現在國家安全部仍然沒有查出日本情報部門如何獲得王蕭關係的情報。這件事情當時臺灣也並不清楚，據說國家安全部專家通過這件事情認識到日本情報部門對華工作的深度，比臺灣有過之而無不及。