万言书指出，军队是国家政权的重要组成部分，党政分开、还权于政当然也就意味着党军分开，把军队的领导权交给由人民选举产生的政权机构。过去长期没有这样做，恐怕同专制主义有关，对军队的共产党员缺乏信任。

万言书还指出，实行党军分开，就应当撤销党中央的军事委员会，但保留国家的中央军事委员会，由国务院和国防部及军队最高领导人组成，由国家元首任当然主席。

万言书建议，取消军队的政治委员建制，保留政治部，作为军队的政治教育机构。军队党组织基层化，只负责党的自身建设，不干预军队事务。军队实行首长负责制，全部工作由指挥员统一领导，指挥员作为一名共产党员，参加基层组织活动。