近年因實行糧棉購銷體制改革(實際上是恢復計劃經濟的統購統銷)遭到經濟學家杜潤生和吳敬璉的反對,又罵杜、吳「不懂農業!」杜潤生被罵後閉口不語而吳敬璉回答「你說我不懂農業還可以,說杜老不懂農業,那中國還有誰懂農業?」當前朱鎔基的糧棉購銷體制改革已經破產。
中央電視臺對豐收之後,棉花賣不出去,棉農遭受損失已公開進行批評,而私人購糧棉,已悄然在市場裏復興,在這種情況下也沒有聽到朱鎔基的一字自我批評。
加入WTO,朱鎔基領導下的國務院又轟轟烈烈開始壯大,成立了九個行業委員會,名義上是與國際接軌,實行行業領導,實際行使的是政府職能。朱總理任上還有一年多,還記著他就職演說的人,都願意他青史留名,而不是留下更多的決策失誤。