黄琦于2000年6月3日被捕，被捕前通过天网论坛向外界从容告别。此后和其家人、外界再没见面。据天网消息，黄琦曾受毒打。

黄琦被起诉的主要内容是天网论坛上出现了同情独立、同情六四的文章。据观察，起诉书中罗列的内容和许多国内撰稿人的文章相比，没有更激进。而多数国内撰稿人只是受警告。黄琦被逮捕应该是他对受不公正对待的百姓的关注得罪了地方官员的利益。