對此，李提出申訴，稱自己僅 工作作風和生活作風有問題，在經濟上、政治上都是清白的，不怕審查，是令狐安組織人搞他的黑材料，並以絕食進行抗議。 與此同時，李在雲南的同黨、省長辦公室主任沈某，在得悉李家屬接到了李發自北京的「平安」電話後，隨即動手銷燬文件、資料。不意，令狐安掌控的省委、省紀委早有準備，就在沈消滅罪證的同時，被逮了個正着，當場搜去李、沈及其家屬 、祕書、司機等已經簽好證的加拿大等西方國家護照十三本（其中屬李嘉廷本人的 就有五本），美元八十萬、澳元一百五十萬、泰銖七百三十萬，七六型手槍三枝， 以及李通過雲南在港中資機構、在京合資公司裏通外國的相關文件。
六月十二日，中共中央特派員在昆明召集雲南省常委會，宣佈逮捕李嘉廷，撤銷其省長、省委副書記和候補中央委員的職務，同時公開了李的六大罪狀：
一、利用機構改革搞突擊提幹，僅副廳級就提了一百零二名；
二、省政府多個部門被黑社會控制，有的部門首長本人就是黑社會成員；
三、省政府行政開支帳目混亂，僅一九九九和二零零零兩年就超支一百二十七億，用於出國考察、超標建樓和私設的小金庫；
四、擅自扣押據報省政府瀆職、腐敗、爛權的信件二百八十多封；
五、接受金錢及貴重禮品賄賂，已掌握的就有五十八萬多元；
六、李嘉廷及其家屬擁有的資產高達七百五十多萬，同其實際收入明顯不符。
李嘉廷被打倒，雲南省委書記令狐安立刻乘機整肅異己，僅半個月的功夫就撤換了五十多名副廳級以上共幹，二百多名處級黨官。
來自雲南的消 息稱，在令同李的爭鬥、撕殺過程中，僅六月中旬就有三名副廳級共幹永遠「失蹤 」，是投「敵」還是被滅「屍」，各說不一。 中共雲南省長被整肅，僅僅是十六大前省級諸侯大混戰的一個側面。最近，從廣 東、遼寧、河北都傳出了同樣的刀槍箭戟之聲，顯示中共權爭亂象已經如火如荼地 「紅」遍了整個中國，它與北京高層的換屆大拼殺遙相呼應，形成了一幅紅朝覆滅前令國民極爲振奮的《血染的風采》。