联邦调查局和联邦航空局已经动员了一切力量，试图确定这次空难是否和恐怖主义份子有关。
一位官员称：“他们正在研究现有的资料，试图发现飞机上究竟发生了什么，但是就目前掌握的资料，很难判断这次空难是否和恐怖袭击有关。”
布什目前正在和顾问举行紧急会议，研究空难的细节。纽约市长朱利安尼已经宣布纽约进入高度警戒状态，战斗机正在纽约上空巡逻。有媒体报道称，帝国大厦已经疏散。
朱利安尼取消了当天上午的原定日程，赶往现场。他说：“人民应该保持平静。我们正在经受又一次考验，相信我们能够克服眼前的困难。现在我们正在动员所有力量寻找幸存者。”
五角大楼的两名官员透露，军方并未向纽约地区派遣额外的空军战机。鉴于目前尚未有足够的证据表明空难是一场恐怖主义事件，所以这一事件仍然主要由联邦航空局负责处理。美国国家交通运输安全委员会已经派遣了一个特别小组对空难进行调查。